Perpustakaan MAN 1 Yogyakarta , sebagai sumber ilmu pengetahuan penunjang pendidikan terletak di komplek Madrasah Aliyah Negeri 1 Yogyakarta yang beralamat di Jalan C. Simanjuntak 60 Yogyakarta.

Bersamaan dengan berdirinya MAN 1 Yogyakata pada tahun 1950 di JI. C. Simanjuntak 60 Yogyakarta, salah satu fasilitas yang disediakan adalah perpustakaan. Pada awalnya, perpustakaan menempati sebuah ruangan yang sekarang digunakan sebagai ruang guru. Semakin bertambahnya koleksi beraneka ragam, akhirnya perpustakaan memiliki gedung sendiri berlantai dua yang diresmikan pada 13 April 1991 oleh Drs. H. Abdurrosyad selaku Kepala Kantor Wilayah Departemen Agama Daerah Istimewa Yogyakarta.

Perpustakaan MAN 1 Yogyakarta, mulai menggunakan otomasi perpustakaan yaitu software CDS/ISIS pada tahun 2003. Software ini baru dipergunakan sebatas pada bagian pengolahan koleksi. Mulai tahun 2010 perpustakaan beralih menggunakan software IBRA V.4 yang meliputi pengolahan koleksi, administrasi, layanan sirkulasi, dan OPAC (Online Public Access Catalogue) secara terpadu. Pada tahun 2019 versi ini diperbaharui menjadi IBRA V.8. Pelayanan menggunakan software ini sangat efektif, proses sirkulasi dapat dilakukan dengan cepat, tepat dan terkoordinir. Penelusuran buku-buku yang dibutuhkan oleh pengguna dilakukan dengan mempergunakan komputer yang sudah terhubung dengan yang lain secara local (Local Area Network).

Pada tanggal 12 Desember 2019, perpustakaan memiliki ruang tambahan yaitu di gedung SBSN lantai satu, menjadi satu dengan laboratorium dan perpustakaan terpadu, yang diresmikan oleh Menteri Agama Republik Indonesia Jenderal Purnawirawan Fachrul Razi

Dengan adanya penambahan ruang baru ini, maka penempatan koleksi perpustakaan dibagi menjadi 2, yaitu koleksi buku pelajaran, pengayaan, dan referensi di gedung sebelah barat, dan koleksi non fiksi dan buku penunjang di gedung perpustakaan terpadu.